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重磅!智因东方再度助力发现新致病基因!

2022年1月14日宣, 慧雁

 

1月12日,湖南省妇幼保健院毛翛副研究员、王华教授领衔研究团队借助智因大数据,首次完整描述了丝氨酸/苏氨酸激酶3 (MAST3)与神经发育障碍疾病(NDD)的关系:DUF结构域变异关联以孤独症谱系障碍为核心表型的NDD,而STK结构域变异关联以发育性癫痫性脑病为核心表型的NDD。
 
该研究成果已发表于知名神经科学杂志Frontiers in Molecular Neuroscience(IF:5.64,中科院2区)。中南大学生命科学院、湖南省妇幼保健院遗传医学科、郴州市第一人民医院神经内科、北京大学人民医院儿科、江门市妇幼保健院遗传医学中心及北京智因东方为该研究共同完成单位。
 

 

MAST3 基因介绍

 

MAST3基因属于微管相关丝氨酸/苏氨酸激酶(MAST)家族的一员,在人类大脑皮层中选择性表达,介导重要的神经元功能,例如神经元存活、神经突生长等。MAST家族的蛋白质结构保守性体现在:均具有一个中央微管相关丝氨酸-苏氨酸激酶(STK)结构域以及侧翼分布的功能不明(DUF)保守结构域。MAST家族仅发现MAST1有明确相关遗传病(巨型胼胝体综合征伴小脑发育不全和皮质畸形),MAST2-4 缺陷致病的案例报道极其罕见。

 

该现象的潜在原因可能是,MAST3基因缺陷并不导致显著的临床表型,或者MAST3基因缺陷致病案例本身十分罕见,且由于缺少对相关疾病的认知,在一些临床基因检测中没有作为候选基因(例如基因Panel)而被漏诊。从MAST3蛋白主要在大脑皮层中表达以及MAST1基因与脑发育障碍相关性的实例来看,后者更可能是目前对MAST3基因相关疾病缺乏认知的原因。

 

智因大数据助力新致病案例发现

 

湖南省妇幼保健毛翛副研究员、王华教授团队长期专注研究神经发育障碍疾病,并一直在寻找潜在的MAST3基因相关病例。在联合国内多家研究中心的几千例患者全外显子组测序(WES)数据进行聚类分析后,发现了一共4例携带MAST3基因新发(de novo)变异的患者(2例源自智因大数据)。

 

在回顾4名患者的临床资料时发现,虽然均为NDD,但主要的临床表型有显著的差异(表1)。其中患者1和2没有癫痫发作,而以孤独症谱系障碍(ASD)为主要表现,这与此前的报道*有显著不同。(*注:2021年8月,Spinelli等人发现了11个MAST3杂合突变致病病例,结论认为MAST3与发育性癫痫性脑病(DEE)相关)。

 

 

▲ 表 1    鉴定4例 MAST3 相关患者的临床特征

 

 

▲ 图 1    微管相关丝氨酸/苏氨酸激酶 3 ( MAST3 )的未知功能域 (DUF) 和丝氨酸-苏氨酸激酶 (STK) 域错义突变的分布和相关的NDD类型比较

 

在比对4名患者变异数据后,一个有意思的现象被发现:4名患者携带的变异分别位于MAST3蛋白的DUF和STK结构域上,且不同表型对应的变异所在结构域不同。研究者通过列举MAST3基因所有已知变异及所在结构域(图1),推测MAST3变异所在结构域与表型特征可能存在某种对应关系:DUF结构域与ASD表型相关,STK结构域与DEE表型相关。

 

为了进一步证实这种猜想,研究者进行不同队列模型的生信数据统计(图1)。筛选ASD队列进行与gnomAD数据库携带样本比对时,发现位于DUF结构域的错义突变过量富集;类似地,筛选DEE队列与gnomAD样本比对,发现位于STK结构域上的变异显著富集。这一结果也支持了临床发现。

 

至此,研究者除了发现多个新的MAST3相关案例,还鉴定了与变异所在结构域存在关联的两种主要临床表型:以ASD为核心表型的NDD与以DEE为核心表型的NDD。

 

MAST3 基因的表达特征

 

研究者通过BrainSpan转录组数据库和STRING蛋白互作数据库,首先确认了MAST3基因主要在人胚胎发育时期高表达(图2),并且发现其与DEE/NDD疾病基因存在共表达趋势。其中,MAST3基因与多个DEE/NDD基因同时存在相互作用(图3)。

 

▲ 图 2    MAST3 在人类大脑发育中的动态表达模式

 

 

▲ 图 3   MAST3与DEE/NDD基因的共表达分析,以及相互作用的DEE/NDD蛋白

 

除此之外,研究者还进行了MAST3 功能的体内实验——斑马鱼模型(图4),发现了MAST3 缺陷对大脑发育的影响。结果表明,与人类一样,斑马鱼mast3a/b对大脑发育和神经元功能至关重要。

 

▲ 图 4   MAST3缺陷的斑马鱼实验。在分别敲除斑马鱼同源基因mast3a和mast3b的情况下,均发生了中脑测量面积(反映体积)的显著缩小。

 

综上,研究团队首次总结了NDD中MAST3基因的基因型与表型的相关性:DUF结构域的变异导致具有以ASD为核心表型的NDD,而STK结构域的变异导致具有以癫痫为核心表型的NDD。

 

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结  语

 
尽管Spinelli等人此前报道了多个MAST3致病病例,并认为MAST3与发育性癫痫性脑病相关,但是本文研究团队借助患者基因大数据发现4例新的MAST3致病案例,通过基因型和表型分析找到了新的临床特征,并结合功能实验提出了新的基因-表型关联发现。相信MAST3基因很快能进入NDD筛查的候选基因列表,对NDD的临床诊断及科学研究带来新的启示。
 

 

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