全谱康®癌症全景基因测序基线分析
——靶向药+PD1药物+新抗原治疗基线评估检测组合
智因东方旗下全谱医学检验所推出的全谱康®癌症全景基因测序分析，通过全外显子测序、转录组测序、肿瘤靶向药物panel测序，MSI检测、以及HLA分型的综合检测，实现三大分析内容：靶向药物敏感性分析，PD1/PDL1药物疗效分析，以及肿瘤新抗原(neoantigen)分析，从而涵盖了靶向药及免疫治疗的应用。
一、全谱康®各检测项目的检测目标和临床意义
二、全谱康®所包含的子项目和优势
- 靶向药基因分析
全癌种95基因Panel靶向药物敏感性测序分析：
实体肿瘤95基因靶向药物测序，能一次性检测实体肿瘤所有上市靶向药物相关95个基因的突变、融合和扩增信息，再结合全外显子测序获得的相关基因突变，和转录组测序获得的基因融合和表达信息，进一步提高检测敏感性，从而分析实体肿瘤相关所有上市靶向药物、多种重要临床试验期药物的敏感/耐药性，为患者提供靶向药物指导。
95个基因Panel：
全癌种全转录组（RNAseq）靶向药物敏感性测序分析：
- 有很多基因（如EGFR、HER2、CMET、c-MYC、FLT1、CCNE1、GAB2、PTEN、VEGFA等）的异常表达与某些靶向药的敏感性高度相关，基于DNA的Panel检测无法检测表达信息，而RNAseq则可解决。RNAseq可检测组织中全部近万个基因的表达谱，可揭示异常表达基因与药物敏感性的关系。
- 一些基因（如ROS1、ALK等）的融合基因与某些靶向药的敏感性高度相关，但融合断点往往范围较广，且伙伴基因不确定，基于DNA的Panel检测只能涉及常见融合断点，而RNAseq则可解决。不仅可显著提高融合基因的检出率，而且可以覆盖罕见融合断点及伙伴基因。
所涉及的部分靶向药物：
- PD1/PDL1药物评估
TMB评估
肿瘤突变负荷（Tumer Mutation Burden，TMB）已逐渐成为PD1药物敏感性的重要评估指标。TMB高，肿瘤会产生更多新抗原，更容易被免疫系统识别，因此免疫疗法对TMB高的患者疗效更好。
本方案通过对人类全部2万个基因的全外显子组（WES）600X高深度测序，获得完整肿瘤突变谱，给予准确的TMB评估。
MSI检测
2017年5月，FDA批准了免疫药物PD1抑制剂Keytruda的有微卫星不稳定性高（microsatellite instability-high，MSI-H）或错配修复缺陷（mismatch repair deficient，dMMR）的不分癌种的应用，MSI已成为PD1单抗类药物的重要评估指标。
本方案包含肿瘤组织的MSI检测。
PD1药物相关基因突变分析
有部分案例报道显示，POLE、JAK家族等基因状态可能与PD1/PD-L1药物疗效相关，通过靶向药物panel测序和全外显子测序获得的相关基因突变信息，也将一定程度上提示PD1/PD-L1药物的疗效。
- 肿瘤新抗原（neoantigen）预测分析
本方案通过对人类全部2万个基因的全外显子组（WES）600X高深度测序，并结合肿瘤组织转录组分析，或ctDNA1500X测序，筛选体细胞突变，进一步进行MHC亲和力分析得到肿瘤新抗原序列。