- 提高阳性率之——检测范围越全越好
检测范围越全，越能避免漏检
检测范围越全，越能避免漏检，这个道理很容易懂。
目前遗传病NGS检测策略主要有小Panel、临床外显子、全外显子、CNVseq几种策略，低阳性率往往和检测策略选择有关。
Panel策略，也叫疾病相关靶向测序策略，是对某种临床症状相关的几十或几百个基因打个包。
相比于全外显子，Panel策略的优势在于成本较低，数据分析难度也小，对于相对特异的疾病群，经验丰富的医生运用起来效果也不错。
但从各种遗传病诊断的总体实际效果来看，Panel策略的阳性率只有10~20%，为啥这么低？原因有三：
一是打包不全，谁也不能保证能打全，即便是穷尽了已知的致病基因，每年仍然会发现几百种疾病和相关基因；
二是Panel一般是基于某个系统的某种异常的临床特征来打包的，只是涵盖了这种临床特征相关的基因，但当遇到多系统疾病的时候，尤其是表型不典型的时候，即便相关基因在Panel里面，有可能医生会下错申请单，去检测另外的Panel了；
三是当一个人真的是有两种不同系统的疾病的时候，仅针对任何一个单一系统的Panel都不可能覆盖全。
相比之下，全外显子组（人类全部2万个基因），能较好的解决打包不全的问题，阳性率大约可提升至35~45% 。
2015年一篇关于儿童神经发育疾病的研究揭示，做Panel（小包）检测不出来的119例患者，用全外显子（大包）可以额外增加24%的阳性率。
对于难以诊断的疑难表型，尤其是涉及多系统疾病，或者是基因异质性突出，比如（但不限于）多系统疾病、各种畸形自闭症、智障、癫痫、发育迟缓、贫血、矮小等，涉及数百上千个致病基因，用全外显子会比Panel有较为明显的优势。
前面我们讲了检测范围越全面，就越有可能避免漏检，就越能提高阳性检出率。另外检测范围追求越全越好的意义还不仅于此。
检测范围越全，诊断越严谨
在低通量时代，因为技术局限性，测得太多成本就太高，所以临床上一般是先怀疑（说通俗一点就是猜）哪种病，就检测哪个基因，倘若在这个基因上还真就找到了一个变异的话，就很容易先入为主、对号入座，确诊是这种病了。
这种情况就类似盲人摸象，摸到的只是局部，摸到象腿就说大象是柱子，摸到尾巴就说大象是绳子，检测到这个基因有变异就说患者就是这个病，难免以偏概全。
其实，这种做针对性的检测——单个基因的一代测序，或是小Panel，大多是低通量时代的思维的延续，这种低通量思维主要基于以下的逻辑前提：
- 单基因病的表型非常特异，不会存在多种疾病混淆的情况，所以怀疑哪种病就做这种病的基因就OK。
- 基因变异的致病性很明确，在目标基因找到变异就可以确诊了。
然而实际的情况可能恰恰相反：
- 疾病的复杂性远超预期：单基因病种类繁多，特征相似的疾病往往很难鉴别诊断，对某种疾病的预先诊断，很有可能是错误的。
- 变异致病性的不确定性远超预期：与患者表型相似的疾病可能有很多，意味着有可能在很多个基因上都存在变异，但并不是所有的变异的致病性都很明确，需要在众多变异中进行选择。
在过去的低通量时代，没有办法把所有疾病进行全面筛查，我们只能是预先诊断，再做有确证性的检查，尽管不严谨，但也只能如此。但如今进入高通量测序时代，我们就有了一窥全貌的机会，我们完全可以在更广阔、全面的遗传背景上去确证，在我们怀疑的这种疾病之外，没有其他更值得怀疑的疾病的选项了。
因此高通量时代的思维应该是，先不做预判（即便有预判也先不急下结论），先测，尽可能全面检测，比如全外显子以及全基因组CNV，测完再从整体全貌上把握最像哪种疾病，或许全面测完之后才发现有比原来预想的更吻合患者特征的疾病，和更具备致病性的基因变异。
当然，即便是做全面的检测，也存在漏检的可能，但这总比只测一个基因或者小Panel要全面得得多，严谨得多。
因此在检测策略上，能做全外显子+CNV，就尽量不要选择小Panel。要注意的是，做这么大范围的检测，必须用Trios家系策略去借助共分离筛选变异，否则数据分析难度太大，也难以发现新发变异。
别忘了检测线粒体基因组（mtDNA）和线粒体核基因
除了上述因素之外，漏检另一套基因组——线粒体基因组（mtDNA）也是影响阳性率的因素之一。在线粒体病患者中，mtDNA致病突变的检出率大约为10~20% 。
教科书上常列举一些线粒体病综合征（如Leigh、KSS、MELAS、MERRF、MNGIE等），这反而会给人以误导，认为只有这些综合征才是线粒体病，其实线粒体病的表现远不止这些综合征。线粒体病未必都是多系统受累的，很多单一系统特征的疾病都有可能是线粒体病所致，如单纯的癫痫、自闭症、心肌病、肾病、肝病、肌病、身材矮小等。
有些Panel策略没有包含线粒体核基因，更不包含mtDNA，在选择用什么Panel上就会大伤脑筋。其实如果选择全外显子组，就一定包含线粒体核基因，再加测mtDNA，就能把线粒体病机制全面考虑进来。