logo-new-1logo-new-2
  • 首页
  • 我们
    • 公司简介
    • 发展历程
    • 大事记
    • 关于公司名称
    • 技术特色
    • 产品:精准医疗全产品线解决方案
  • 产品
    • 遗传病精准诊断
    • 全谱宝®遗传病基因携带筛查
    • 生殖健康基因检测
    • 全谱筛®新生儿遗传病筛查
    • 全谱安®无创超早期防癌监测
    • 全谱康®癌症全景基因检测
  • 荣誉
  • 遗传病诊断
    • 遗传病科普
      • 人类遗传病
      • 遗传病基因检测
    • 智因优势
      • 家系全外:平民价格,贵族服务
      • 一次检测扫尽大中小三类变异
      • 三要素分析:海量数据“百万挑一,大海捞针”
    • 应用策略
      • 大道至简,检测告别选择困难症
      • 涉及特殊检测的智因疾病诊断解决方案
      • 深度了解智因全外及全基因双组学系列策略
      • 怎样提高阳性率
        • 阳性率低,是什么原因
        • 提高阳性率之——检测范围越全越好
        • 提高阳性率之——大中小变异一网打尽
        • 提高阳性率之——家系(Trios)模式
        • 提高阳性率之——可信赖的数据分析
        • 提高阳性率之——临床特征采集和标准化录入
      • 关于检测性价比
    • 在线分析平台
    • 遗传病科研
      • 智因推出首款“自主问答式”基因数据科研聚类分析平台
      • 发现新致病基因,不再遥不可及
  • 出生缺陷预防
    • 隐性遗传病无先证者父母携带推断分析
    • 一级预防:单基因隐性遗传病携带者筛查
  • 实体肿瘤诊疗
    • 精准诊疗解决方案
      • 慧朗™肺癌28基因NGS检测
      • 慧畅™结直肠癌39基因NGS检测
      • 慧诺™肾癌81基因NGS检测
      • 慧睿™尿路上皮癌98基因NGS检测
      • 慧谱™前列腺癌101基因NGS检测
      • 慧聚™393基因NGS检测
      • 慧域™980基因NGS检测
      • 慧源™实体肿瘤WES解决方案
    • 癌症诊疗一体化
      • 全谱康®癌症全景基因测序基线分析组合项目
      • 个体化新抗原治疗:II/III期患者术后防复发治疗
      • 增强型/超级新抗原疗法:IV期患者的逆转性治疗
  • 血液肿瘤诊疗
    • 血液肿瘤全景测序分析
      • 何谓“全景”基因测序
        • 血液肿瘤全突变谱——Panel及全外显子测序分析
        • 血液肿瘤全表达谱——转录组(RNAseq)分析
        • 血液肿瘤全融合谱——转录组(RNAseq)分析
        • 血液肿瘤全免疫谱——免疫组测序(IRseq)分析
        • 让有价值的信息在一次血液肿瘤检测中同时获得
      • 全景基线组合项目
    • 血液肿瘤免疫细胞治疗
      • CAR-T免疫细胞治疗
      • 血液肿瘤新抗原免疫治疗
      • 增强型和超强型新抗原技术
      • B系肿瘤:CAR-T不适用/无效/复发患者的新抗原治疗方案
      • T系肿瘤:新抗原治疗方案
  • 大健康
    • 全谱疾病易感基因筛查
    • 药物基因组学领域
    • 综合防癌——智因诊疗一体化方案
      • 全谱肿瘤易感基因检测
      • 全谱安®无创超早期防癌监测
      • 超早期癌症多靶点免疫干预方案
  • 慢病精准医疗
    • 高血压精准医疗
    • 糖尿病精准医疗
  • 新闻
  • 联系
  • EN

提高阳性率之——检测范围越全越好

智因东方首页 应用策略 怎样提高阳性率 提高阳性率之——检测范围越全越好
  • 遗传病诊断
    • 遗传病科普
      • 人类遗传病
      • 遗传病基因检测
    • 智因优势
      • 家系全外:平民价格,贵族服务
      • 一次检测扫尽大中小三类变异
      • 三要素分析:海量数据“百万挑一,大海捞针”
    • 应用策略
      • 大道至简,检测告别选择困难症
      • 涉及特殊检测的智因疾病诊断解决方案
      • 深度了解智因全外及全基因双组学系列策略
      • 怎样提高阳性率
        • 阳性率低,是什么原因
        • 提高阳性率之——检测范围越全越好
        • 提高阳性率之——大中小变异一网打尽
        • 提高阳性率之——家系(Trios)模式
        • 提高阳性率之——可信赖的数据分析
        • 提高阳性率之——临床特征采集和标准化录入
      • 关于检测性价比
    • 在线分析平台
    • 遗传病科研
      • 智因推出首款“自主问答式”基因数据科研聚类分析平台
      • 发现新致病基因,不再遥不可及
  • 提高阳性率之——检测范围越全越好

检测范围越全,越能避免漏检

检测范围越全,越能避免漏检,这个道理很容易懂。

目前遗传病NGS检测策略主要有小Panel、临床外显子、全外显子、CNVseq几种策略,低阳性率往往和检测策略选择有关。

Panel策略,也叫疾病相关靶向测序策略,是对某种临床症状相关的几十或几百个基因打个包。

相比于全外显子,Panel策略的优势在于成本较低,数据分析难度也小,对于相对特异的疾病群,经验丰富的医生运用起来效果也不错。

但从各种遗传病诊断的总体实际效果来看,Panel策略的阳性率只有10~20%,为啥这么低?原因有三:

一是打包不全,谁也不能保证能打全,即便是穷尽了已知的致病基因,每年仍然会发现几百种疾病和相关基因;

二是Panel一般是基于某个系统的某种异常的临床特征来打包的,只是涵盖了这种临床特征相关的基因,但当遇到多系统疾病的时候,尤其是表型不典型的时候,即便相关基因在Panel里面,有可能医生会下错申请单,去检测另外的Panel了;

三是当一个人真的是有两种不同系统的疾病的时候,仅针对任何一个单一系统的Panel都不可能覆盖全。

相比之下,全外显子组(人类全部2万个基因),能较好的解决打包不全的问题,阳性率大约可提升至35~45%  。

2015年一篇关于儿童神经发育疾病的研究揭示,做Panel(小包)检测不出来的119例患者,用全外显子(大包)可以额外增加24%的阳性率。

对于难以诊断的疑难表型,尤其是涉及多系统疾病,或者是基因异质性突出,比如(但不限于)多系统疾病、各种畸形自闭症、智障、癫痫、发育迟缓、贫血、矮小等,涉及数百上千个致病基因,用全外显子会比Panel有较为明显的优势。

前面我们讲了检测范围越全面,就越有可能避免漏检,就越能提高阳性检出率。另外检测范围追求越全越好的意义还不仅于此。

检测范围越全,诊断越严谨

在低通量时代,因为技术局限性,测得太多成本就太高,所以临床上一般是先怀疑(说通俗一点就是猜)哪种病,就检测哪个基因,倘若在这个基因上还真就找到了一个变异的话,就很容易先入为主、对号入座,确诊是这种病了。

这种情况就类似盲人摸象,摸到的只是局部,摸到象腿就说大象是柱子,摸到尾巴就说大象是绳子,检测到这个基因有变异就说患者就是这个病,难免以偏概全。

其实,这种做针对性的检测——单个基因的一代测序,或是小Panel,大多是低通量时代的思维的延续,这种低通量思维主要基于以下的逻辑前提:

  1. 单基因病的表型非常特异,不会存在多种疾病混淆的情况,所以怀疑哪种病就做这种病的基因就OK。
  2. 基因变异的致病性很明确,在目标基因找到变异就可以确诊了。

然而实际的情况可能恰恰相反:

  1. 疾病的复杂性远超预期:单基因病种类繁多,特征相似的疾病往往很难鉴别诊断,对某种疾病的预先诊断,很有可能是错误的。
  2. 变异致病性的不确定性远超预期:与患者表型相似的疾病可能有很多,意味着有可能在很多个基因上都存在变异,但并不是所有的变异的致病性都很明确,需要在众多变异中进行选择。

在过去的低通量时代,没有办法把所有疾病进行全面筛查,我们只能是预先诊断,再做有确证性的检查,尽管不严谨,但也只能如此。但如今进入高通量测序时代,我们就有了一窥全貌的机会,我们完全可以在更广阔、全面的遗传背景上去确证,在我们怀疑的这种疾病之外,没有其他更值得怀疑的疾病的选项了。

因此高通量时代的思维应该是,先不做预判(即便有预判也先不急下结论),先测,尽可能全面检测,比如全外显子以及全基因组CNV,测完再从整体全貌上把握最像哪种疾病,或许全面测完之后才发现有比原来预想的更吻合患者特征的疾病,和更具备致病性的基因变异。

当然,即便是做全面的检测,也存在漏检的可能,但这总比只测一个基因或者小Panel要全面得得多,严谨得多。

因此在检测策略上,能做全外显子+CNV,就尽量不要选择小Panel。要注意的是,做这么大范围的检测,必须用Trios家系策略去借助共分离筛选变异,否则数据分析难度太大,也难以发现新发变异。

别忘了检测线粒体基因组(mtDNA)和线粒体核基因

除了上述因素之外,漏检另一套基因组——线粒体基因组(mtDNA)也是影响阳性率的因素之一。在线粒体病患者中,mtDNA致病突变的检出率大约为10~20% 。

教科书上常列举一些线粒体病综合征(如Leigh、KSS、MELAS、MERRF、MNGIE等),这反而会给人以误导,认为只有这些综合征才是线粒体病,其实线粒体病的表现远不止这些综合征。线粒体病未必都是多系统受累的,很多单一系统特征的疾病都有可能是线粒体病所致,如单纯的癫痫、自闭症、心肌病、肾病、肝病、肌病、身材矮小等。

有些Panel策略没有包含线粒体核基因,更不包含mtDNA,在选择用什么Panel上就会大伤脑筋。其实如果选择全外显子组,就一定包含线粒体核基因,再加测mtDNA,就能把线粒体病机制全面考虑进来。

网站地图卡替医疗官网
       
© 2023 北京智因东方转化医学研究中心有限公司 版权所有     京公网安备11011502004356号    京ICP备17034378号-4