血液肿瘤新抗原免疫治疗

一、肿瘤基因时空全景测序，锁定neoantigen靶点

• 单靶点治疗存在严重局限性

低通量检测时代的技术局限带来的认识误区：

1. 认为肿瘤是单个基因突变的结果，仅一个基因突变即可对肿瘤进行分子分型，如HER2阳性的乳腺癌，ALK阳性的肺癌，EGFR阳性的非小细胞肺癌等。这就好比盲人摸象，摸到什么就认为大象是什么，测到哪个基因的问题就说肿瘤是什么基因阳性，问题在于实验仅仅检测了这一个或极少数的基因。
2. 认为对肿瘤的治疗，只需要对治单一靶标就OK，但实际上并不OK，大多数靶向药最终会耐药。

高通量检测时代的认知颠覆

传统达尔文理论推测，肿瘤里的突变应该不多，但NGS揭示的事实是：一个肿瘤里的突变数量可以高达10⁸之多。

2015年《PNAS》刊登的研究表明，把一块肿瘤组织分成二百多个小碎片，分别进行高通量测序，结果显示每个碎片的突变情况都迥异，有的突变少些（成百上千），有的突变多达成千上万个！

因此肿瘤的基因组体现为突变谱，而非单一突变，其特点是：

1. 静态看：体细胞突变多达成百上千甚至上万
2. 动态看：突变的丰度不断变化，新突变不断产生
3. 个性化：每个患者的neoantigen都各不相同

单靶点治疗的局限

面对群狼（众多突变），只打一个能行？无论是靶向药，还是CAR-T，针对单靶点治疗，都会导致压力选择的结果，即“按下葫芦浮起瓢”——其他突变会大量滋生，导致耐药和复发。

肿瘤基因时空全景测序，锁定neoantigen靶点

通过肿瘤新鲜组织全外显子组测序（WES）、肿瘤新鲜组织转录组测序（RNAseq）、HLA分型及抗原亲和力分析等项目，进行治疗靶标——新抗原（neoantigen）筛选。

二、靶向neoantigen的个体化多靶点免疫治疗

卡替医疗将高通量基因测序与多靶点neo疫苗构建技术、T细胞免疫治疗技术相结合，开创了中国靶向新抗原（neoantigen）的个体化多靶点免疫治疗的先河。

• 新抗原治疗的细胞制备流程

1. 免疫组、全外显子组、转录组及HLA测序获得肿瘤BCR/TCR、肿瘤体细胞突变及融合基因的新抗原信息。
2. 新抗原负载抗原提呈细胞，制备负载新抗原的细胞疫苗（neoVx）。
3. neoVx刺激T细胞，获得新抗原反应性T细胞（neoT）。将neoVx与neoT联合回输用于治疗。或进一步对neoT进行单细胞测序，获得肿瘤特异性TCR序列，制备TCR-T细胞进行治疗。即为普通型新抗原治疗技术。

• 新抗原免疫治疗在血液肿瘤应用的意义

新抗原治疗可以解决CAR-T所无法解决的难题：

1. 针对T细胞肿瘤患者的治疗
2. 针对CAR-T无效或复发患者的治疗
3. 与CAR-T联用以降低复发概率

• 血液肿瘤的新抗原的三类来源

1. B/T系肿瘤细胞的BCR/TCR，来自免疫组测序（检测样本来自肿瘤组织或骨髓，或联合ctDNA）；
2. 肿瘤细胞的体细胞突变，来自全外显子组（检测样本来自肿瘤组织或骨髓，或联合ctDNA）及转录组测序（检测样本来自肿瘤组织或骨髓）；
3. 肿瘤细胞的融合基因，来自转录组测序（检测样本来自肿瘤组织或骨髓）；